A deux heures de la capitale cambodgienne, Erik Karlsson et Filip Claes dirigent une expédition pour prélever des échantillons d’ADN de chauves-souris. Cette exploration dans l’une des grottes de la région de Kampot fait partie d’une initiative novatrice de surveillance des maladies menée dans le cadre d’un projet conjoint mis en œuvre par l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), par l’intermédiaire de son Centre d’urgence pour la lutte contre les maladies animales transfrontières (ECTAD), en collaboration avec l’Institut Pasteur du Cambodge (IPC).

L’objectif est de créer un mécanisme d’alerte rapide pour prévenir la transmission de maladies entre animaux sauvages et domestiques, et de stopper les zoonoses.

Au Cambodge, les exploitations avicoles et porcines sont souvent situées à proximité de zones de faune sauvage. En conséquence, le risque de propagation  des zoonoses à des populations plus larges est devenu un sujet de préoccupation. «Chaque année, trois à quatre nouvelles zoonoses apparaissent dans le monde», indique Erik Karlsson. «Et à l’heure actuelle, deux maladies humaines sur trois sont d’origine zoonotique».

Méthodes et technologies utilisées

«Dans ces environnements, nous recherchons toute maladie qui pourrait se transmettre de la chauve-souris au porc et de la volaille à l’homme», ajoute Filip Claes. L’équipe utilise des drones équipés d’échantillonneurs d’air pour collecter de l’ADN environnemental (ADNe), une méthode non invasive qui permet de détecter des virus dans l’air. Cette technique remplace les méthodes traditionnelles de capture et d’échantillonnage d’animaux, offrant une surveillance plus rapide, sécurisée et moins coûteuse. Les scientifiques utilisent également des appareils PCR portables et des séquenceurs d’ADN pour identifier rapidement les agents pathogènes sur le terrain.

Implications et perspectives du projet

Les données recueillies contribuent à dresser un tableau complet du contexte sanitaire et à mieux comprendre la présence des maladies dans l’environnement. Ce projet aide à réduire le temps de réaction face aux agents pathogènes, ce qui est crucial pour enrayer leur propagation. En plus de la santé animale et humaine, ces prélèvements d’air et les analyses d’ADNe peuvent être utilisés pour surveiller les espèces sauvages et gérer la biodiversité. 

Cette initiative est essentielle face aux menaces croissantes des zoonoses dues aux changements climatiques, à l’urbanisation et à la déforestation.

De nouveaux variants de la grippe aviaire 

Cette campagne de la FAOfait suite à l’évolution « récente et alarmante » de nouveaux variants de la grippe aviaire . 13 nouveaux cas humains ont été signalés au Cambodge, avec des cas supplémentaires en Chine et au Viêt Nam depuis la fin de l’année 2023. 

L’organisme souligne l’urgence d’une réponse unifiée. Les Etats membres doivent travailler ensemble pour mettre en place des systèmes de surveillance complets, y compris le séquençage intégral du génome, afin de suivre la propagation et l’évolution du nouveau virus.

Source : FAO 

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